در یک تقسیم‌بندی کلی، کوه‌های استان اصفهان را می‌توان به دو بخش تقسیم نمود. بخشی از کوه‌ها از پیشروی رشته کوه‌های زاگرس در استان اصفهان پدید آمده و بخش دیگر متعلق به رشته کوه‌های مرکزی ایران است. در مورد بخش اول می‌توان گفت که در حقیقت مرتفع‌ترین قسمت رشته کوه زاگرس یعنی دنا به شکل یک دیوار طبیعی، استان اصفهان را از کهگیلویه و بویراحمد جدا می‌کند و در مورد بخش دوم می‌توان به کوهستان کرکس اشاره نمود که در این استان واقع است و یکی از معروف‌ترین قله‌های رشته کوه‌های مرکزی ایران است.
رشته کوه دنا: رشته کوه دنا بخشی از رشته کوه‌های زاگرس (زاگرس مرکزی) است که با جهت شمال غربی به جنوب شرقی امتداد یافته است. این رشته کوه با طول تقریبی 70 کیلومتر، مرز مشترک استان‌های اصفهان از سمت شمال و شرق و کهگیلویه و بویراحمد از سمت غرب و فارس از سمت جنوب غرب می‌باشد. رشته کوه دنا به سه رشته اصلی (مرکزی، شمال غربی و جنوب شرقی) و یک رشته فرعی عمودی توسط سه گردنه بیژن، مورگل غربی و پوتک تقسیم می‌گردد.
رشته کوه دنا در استان اصفهان
الف) رشته مرکزی دنا: این بخش از رشته کوه دنا از گردنه بیژن به ارتفاع 3200 متر تا گردنه مورگل غربی به ارتفاع 4100 متر ادامه دارد و دارای 18 قله بالای 4000 متر است. بلندترین قله رشته کوه دنا و رشته کوه بزرگ زاگرس، قله قاش مستان* یا بیژن 3 است. قلل دیگر این رشته کوه از گردنه بیژن به ترتیب عبارتند از بَرد آتش، سی‌چان 1، 2 و 3، حوض دال، کَرسُمی شرقی، کَرسُمی غربی، تنگه راه (حرا)، بیژن 1 (ماش)، کپیری، بیژن 2 (برج آسمانی)، قزل قله، هِرم، کیخسرو، بن رو، بیژن 3 (قاش مستان)، قبله، مورگل، مورگل غربی (پازنک) و مورگل شمالی.
ب) رشته شمال غربی دنا: این رشته را که اصطلاحاً جناح غربی می‌گویند، از گردنه مورگل غربی و قله‌های کاسه خفر آغاز شده و به قله کل قَدویس ختم می‌گردد و دارای 21 قله بالاتر از 4000 متر است. قله‌های این رشته به ترتیب از گردنه پوتک عبارتند از قلل کاسه خفر (شامل کل گردل، تل گردل و لوکوره)، قلل کاسته پوتک (شامل پوتک، ایستگاه، قلات بزی، آب سپاه و فردای قیامت)، قلل کاسه خرسان (شامل خرسان شرقی، خرسان غربی، کل فرهاد، کل چال ولی) و قلل سه قپه شمالی (شامل کل شیدا، کل بلبل، کل قدویس، کل پازنی، کل شور و چات سوز).
این منطقه بکرترین و دور از دسترس‌ترین قله‌های دنا را در خود جای داده است و تنها چند مسیر محدود برای رسیدن به ارتفاعات این بخش وجود دارد که بیشتر آن‌ها نیز در زمستان غیرقابل استفاده می‌باشند.
ج) رشته جنوب شرقی دنا: این رشته اصطلاحاً جناح شرقی نامیده می‌شود و از گردنه بیژن و قله برف کرمو (4111 متر) آغاز شده و تا قله پازن پیر (4280 متر) ادامه دارد. این رشته دارای 9 قله بالای 4000 متر به نام‌های برف کِرمو، نمک، کل خرمن، نول شمالی، نول جنوبی، قاش سرخ، تاپو، رمبسه و پازن پیر می‌باشد.
* نام قاش مستان برگرفته از فرهنگ عشایر ترک این منطقه می‌باشد و با توجه به وجود شکاف و قاش انتهای قله نامگذاری شده است زیرا قاش یا قاچ به معنی شکاف و چاک است و گفته می‌شود که بز و کَل‌های منطقه در فصل جفت‌گیری و مست شدن، به این شکاف می‌آیند و به همین جهت این قله قاش مستان نام گرفته است.
در مسیر رشته کوه دنا چند برفچال و یخچال کوچک و بزرگ به ویژه در بخش شمال شرقی آن مشاهده می‌شود. این رشته کوه زیبا دارای سه غار به نام‌های دنگزلو، نول و یخ بوده و دارای چشمه‌های فراوانی است که از جمله آن‌ها می‌توان به چشمه میشی، شرنیک و اسپید به عنوان مهم‌ترین چشمه‌های آن اشاره نمود. قله‌های این رشته کوه سرچشمه رودخانه‌های متعددی همچون ریگان، ماربر، میریان، کوه گل، سریس، تیزاب و دزکرد می‌باشند.
رشته کوه دنا در گذشته از نظر تنوع وحوش بسیار غنی بوده است. انواع جانوران همچون خرس‌های قهوه‌ای بزرگ، کبک دری، عقاب، کرکس، هما، پلنگ، گرگ، گربه وحشی به ویژه گونه سیاه گوش، سمور، راسو، سنجاب ایرانی، شاهین، بحری، سنگ چشم، کمرکوهی، چکاوک، بز و پازن، از گونه‌های جانوری دنا می‌باشند.
رشته کوه شاهانکوه:
رشته کوه شاهانکوه که در حاشیه غربی رشته کوه زاگرس قرار دارد، از 40 کیلومتری شمال غربی فریدونشهر استان اصفهان آغاز شده و به طول حدود 43 کیلومتر تا 25 کیلومتری جنوب غربی فریدونشهر امتداد می‌یابد. عرض متوسط این رشته کوه حدود 10 کیلومتر بوده و بلندترین قله‌های آن مارک، لاشوم، دره غول، شاهانکوه و وَری می‌باشند. بلندترین قله این رشته کوه، «شاهانکوه» است که در 20 کیلومتری فریدونشهر واقع شده و ارتفاع آن از سطح دریا 4040 متر می‌باشد.
در دامنه این رشته کوه روستاهای متعددی واقع شده‌اند که از آن میان می‌توان به روستاهای سرداب بالا، سرداب پایین و شاهان اشاره نمود. در واقع وجه تسمیه این رشته کوه نیز به دلیل واقع شدن روستای شاهان در دامنه غربی آن است.
میزان بارندگی سالانه این رشته کوه حدود 800 تا 1000 میلی‌متر و میانگین دمای سالانه آن بین 5 تا 10 درجه سانتی‌گراد است.
رشته کوه دالانکوه:
رشته کوه دالانکوه از رشته کوه‌های زاگرس مرکزی است که در غرب استان اصفهان در سه شهرستان فریدن، چادگان و تیران و کرون قرار دارد. دالانکوه یا کوه دالان، به صورت یک رشته موازی به طول تقریبی 60 کیلومتر و عرض متوسط 7 کیلومتر، همراه با دیگر رشته کوه‌های زاگرس، از شمال غرب به جنوب شرق امتداد یافته و در میانه‌های رشته کوه به صورت دو رشته دالان مانند با زاویه تقریبی 30 درجه درآمده که رشته شمالی به روستای احمدرضا و چشمه مرغاب ختم می‌گردد اما رشته جنوبی در حوالی جاده اصفهان- چادگان، به رشته کوه‌های شهرستان‌های نجف‌آباد و شهرکرد متصل می‌گردد.
رشته کوه دالانکوه دارای قله‌های متعدد و بلند می‌باشد که از مهم‌ترین آن‌ها می‌توان از دامنه، بزینو، پرپر، احمدرضا، آنالوجه (داراب شاه) و دالان نام برد که ارتفاع بیشتر آن‌ها بیش از 3000 متر می‌باشد (بلندترین قله این رشته کوه به نام انالوجه، 3950 متر ارتفاع دارد و به دلیل شباهت کامل این قله به دماوند، آن را دماوند اصفهان نیز می‌نامند).
در دامنه‌های این رشته کوه شهرها و روستاهای متعددی واقع شده‌اند که می‌توان به شهرهای داران، چادگان، رزوه، دامنه، عسگران و روستاهای انالوجه، قرقر، معروف‌آباد، ده کلب علی، کرد علیا و سفلی، دولت‌آباد، تقی‌آباد، الور، احمدرضا ودوتو اشاره نمود.
این کوهستان دارای تنوع گیاهی و جانوری قابل توجهی بوده و توسط دامداران و زنبورداران منطقه مورد بهره‌برداری قرار می‌گیرد. از جمله ظرفیت‌های این رشته کوه وجود چشمه‌ها و آبشارهای فراوان است.
در نزدیکی قله دالانکوه واقع در جبهه شمالی، بقایای یک ساختمان دیده می‌شود که بر اساس روایات تاریخی، آن را آتشکده یا قلعه معرفی کرده‌اند. نرسیده به کلاهک سنگی قله، دو چاه عمیق یخچالی وجود دارد.
بهترین مسیر صعود به قله دالانکوه مسیر روستای انالوجه است که دارای مسیری زیبا و دیدنی می‌باشد. مسیر دیگری نیز از جانب شهر داران وجود دارد که مناسب افرادی است که از تخصص بیشتری در زمینه کوهنوردی برخوردار می‌باشند.
رشته کوه آخوره: رشته کوه آخوره در حقیقت متعلق به بخشی از رشته کوه بزرگ زاگرس است که در نتیجه گسترش این رشته کوه از استان لرستان به سوی استان اصفهان پدید آمده است. خط الرأس رشته کوه آخوره از شمال فریدونشهر آغاز شده و به سمت شمال غرب در استان اصفهان امتداد می‌یابد. این رشته کوه کوچک از کوه‌های متعددی همچون کوه هشتاد (3904 متر)، سفید کوه (3599 متر)، سیاه کوه (3290 متر)، کوه سیخه (زندان)، کوه سنبله (3814متر)، کوه قبله یا افوس (3375 متر) و کوه دیگوله (3724 متر) تشکیل شده است. بلندترین قله این رشته کوه قله هشتاد نام دارد که در دامنه‌های جنوب شرقی آن روستای چقیورت در شمال غربی فریدونشهر قرار دارد و یک راه خاکی نه چندان مناسب این روستا را به روستای تنگ دوزان در شمال غربی کوه هشتاد متصل می‌سازد. این جاده قبل از رسیدن به تنگ دوزان، از گردنه‌ای به همین نام عبور می‌کند که محل مناسبی برای شروع صعود کوه هشتاد واقع در غرب گردنه است.
رشته کوه کرکس:
رشته کوه کرکس از کوه‌های ایران مرکزی به شمار می‌رود که در جهت شمال غربی به جنوب شرقی امتداد یافته و پهنه‌ای در حدود 3400 کیلومتر مربع را تحت پوشش قرار داده است. شمال غربی این رشته کوه شهرستان کاشان، در جنوب شرقی آن شهرستان نطنز، در شرق آن شهرستان برخوار و میمه و غرب آن شهرستان اردستان واقع شده است. مرتفع‌ترین کوه‌های رشته کوه کرکس عبارتند از کمر سیاه (3630 متر)، کوه کرگز (3588 متر)، زیر پل (3398 متر)، لالی وان (3350 متر)، پنجه علی (3225 متر)، کوه کلنگ (2248 متر). مرتفع‌ترین کوه این رشته کوه، کوه کرکس با ارتفاع 3895 متر از سطح دریا می‌باشد.
قله‌های کوهستان کرکس به علت ارتفاع زیاد، تقریباً نیمی از سال پوشیده از برف بوده و منبع اصلی چشمه‌های متعددی می‌باشند که در دامنه‌های این کوهستان جریان دارند. از کوهستان کرکس رودهایی که اغلب خشک‌رود می باشند سرچشمه می‌گیرند. سرچشمه رودهای منطقه تا اوایل تیر ماه خشک می‌شوند.
دامنه‌های کرکس به دلیل وجود منابع آب کافی و نیز اعتدال شرایط اقلیمی و رویش انواع گیاهان مرتعی، زینتی و تجاری، در ردیف مراتع نسبتاً خوب استان اصفهان و کشور می‌باشند. پوشش گیاهی منطقه بیشتر شامل گیاهان بوته‌ای و درختچه‌هایی است که به صورت پراکنده دیده می‌شوند. موقعیت جغرافیایی و شرایط زیستی منطقه کرکس به گونه‌ای است که امکان وجود انواع جانوران وحشی اعم از خزندگان، پرندگان و پستاندارانی نظیر کل و بز، قوچ و میش وحشی، آهو، گراز (خوک وحشی)، گرگ، شغال، روباه، کفتار، گربه وحشی، پلنگ، تشی و نوعی موش صحرایی به نام پایکا را فراهم می‌سازد.
وجه تسمیه این کوه به دلیل وجود کرکس‌های کوچکی است که بر فراز دامنه‌های این کوهستان پرواز می‌کنند.
رشته کوه ماهدشت:
رشته کوه ماهدشت بخشی از کوه‌های مرکزی ایران است که از بخش‌های متعددی همچون کوه کلاه قاضی و کوه شاه کوه تشکیل شده است. مرتفع‌ترین قله این رشته کوه در جنوب شرقی اصفهان واقع شده و قله کلاه قاضی نام دارد و ارتفاع آن 2534 متر می‌باشد. کوه کلاه قاضی را معمولاً از گردنه‌ای موسوم به گردنه لاشتر در فاصله حدود 30 کیلومتری اصفهان در جاده اصفهان به شهرضا می‌پیمایند. کوه کلاه قاضی دارای دره‌های متعدد شمالی و جنوبی است و وجه تسمیه آن شکل کاملاً مشخصی است که قله آن دارد و از شهر اصفهان به شکل کلاه قاضیان در ادوار گذشته به چشم می‌خورد. کوه کلاه قاضی دارای دیواره‌های بلند با سنگ‌های مناسب جهت صخره‌نوردی است و به همین دلیل مورد توجه صخره‌نوردان قرار گرفته و مسیرهای گوناگونی در آن گشایش شده است.
کوه کلاه قاضی از مناطق حفاظت شده و پناهگاه حیات وحش به شمار می‌رود و در آن گله‌های بز و پازن زندگی می‌کنند.
کوه فردان:
کوه فردان از کوه‌های مهم و بلند غرب استان اصفهان و شمال استان چهارمحال و بختیاری است که در جنوب غربی شهرستان فریدن قرار دارد. این کوه به وسیله گردنه شادی، دره کمران و زمستانه در شمال شرق، از شاهانکوه جدا می‌شود. همچنین دره رودخانه کوگان- دورک نیز در جنوب شرق، جنوب و جنوب غرب، این کوه را از کوه‌های شمال شهرستان کوهرنگ در استان چهارمحال و بختیاری مجزا می‌کند.
بلندترین قله این کوه قله فردان نام دارد که ارتفاع آن 3933 متر می‌باشد.
کوه علی جوق:
کوه علی جوق در جنوب شهرستان شهرضا و 16 کیلومتری سمیرم قرار دارد. دامنه‌های این کوه از پوشش گیاهی بسیار خوبی برخوردار است و از این رو منطقه ییلاقی عشایر ایل قشقایی به شمار می‌رود. بلندترین قله این کوه قله علی جوق نام دارد که ارتفاع آن 3718 متر می‌باشد.
گلستان کوه:
گلستان کوه با ارتفاع 3631 متر در مسیر خوانسار به اصفهان و در 15 کیلومتری شهر خوانسار در استان اصفهان قرار دارد. این کوه با جهت جنوب غربی به شمال شرقی، از پوشش گیاهی بسیار خوبی همچون لاله‌های واژگون، گز انگبین، گز علفی، ریواس، کنگر، مرزنجوش، آویشن، قارچ، بادام، تره، پیاز کوهی، گون، موسیر و گیاهان علوفه‌ای و دارویی برخوردار است. وجود این پوشش گیاهی رنگارنگ، گلستان کوه را به یکی از زیباترین کوه‌های استان اصفهان تبدیل نموده به طوری که زیبایی آن در اردیبهشت ماه وصف ناشدنی است.
کوه دالان ونک:
کوه دالان ونک یکی از کوه‌های استان اصفهان است که در فاصله حدود 30 کیلومتری غرب سمیرم قرار دارد. مرتفع‌ترین قله این کوه قله دالان ونک نام دارد که ارتفاع آن 3492 متر از سطح دریا می‌باشد. دامنه‌های این کوه از انواع گیاهان دارویی پوشیده شده است. وجود خرس در این منطقه، نشان از بکر بودن آن دارد.
در دامنه‌های شمالی این کوه شهر ونک و چشمه‌ای زیبا به نام چشمه ناز واقع شده‌اند.
کوه مارشنان: کوه مارشنان در شرق روستای زفره اصفهان قرار دارد و به رشته کوه‌های کرکس متصل است. مرتفع‌ترین قله این کوه قله مارشنان نام دارد که ارتفاع آن 3330 متر می‌باشد. این کوه یکی از سه کوه استراتژیک اصفهان است که بر روی آن سایت‌های مخابراتی و نظامی احداث شده بنابراین صعود به آن نیاز به مجوز دارد.
کوه مارشنان در استان اصفهان
کوه ونیزان: کوه ونیزان در فاصله 54 کیلومتری جنوب غربی داران از توابع شهرستان فریدن واقع شده است. ارتفاع این کوه 3201 متر بوده و از پوشش گیاهی نیمه جنگلی برخوردار است.
کوه الوند گلپایگان:
الوند گلپایگان کوهستانی است واقع در شمال غربی گلپایگان که از شمال غربی به جنوب شرقی کشیده شده است. این کوه حدود 15 کیلومتر طول و به طور متوسط 5 کیلومتر عرض دارد. ارتفاع بلندترین نقطه این کوه 3111 متر می‌باشد که در محل به نام کلنگ سیاه شناخته می‌شود. در پایین دست دامنه‌های جنوبی کوه چشمه‌ای زیبا و چهار فصل به نام چشمه خضر وجود دارد و جاده‌ای خاکی به طول حدود 12 کیلومتر از گلپایگان تا مجاورت چشمه کشیده شده است.
کوه میل:
کوه میل بخشی از ارتفاعات مرکزی ایران است که دامنه جنوبی آن منتهی به بخش کوهپایه و دامنه شمالی آن منتهی به شهرستان نایین می‌باشد. مرتفع‌ترین قله این کوه قله میل نام دارد که ارتفاع آن 3035 متر می‌باشد.
کوه دوروچین: کوه دوروچین یا دورچمن بخشی از کوه‌های مرکزی ایران است که در شمال شرقی استان اصفهان و غرب شهرستان اردستان قرار دارد. ارتفاع این کوه 3002 متر از سطح دریا می‌باشد. در اختیار داشتن تجهیزات کوهنوردی برای صعود به قله کوه الزامی است.
کوه دوروچین در استان اصفهان
کوه صفه:
کوه صفه بخشی از ارتفاعات مرکزی ایران است که در جنوب غربی اصفهان قرار دارد. این کوه از غرب به کوه‌های تخت رستم و دره خان، از شرق به شهرک‌ها و مجتمع‌های مسکونی و از جنوب به اراضی باز و خط آهن منتهی می‌شود. کوهستان صفه به دلیل نزدیکی به شهر اصفهان و برخورداری از ارتفاع مناسب و تنوع پستی و بلندی‌های آن، امکانات بسیار خوبی برای فعالیت‌های ورزشی و تفریحی همچون پیاده‌روی، تپه‌نوردی، کوهنوردی و سنگ‌نوردی فراهم آورده است.
در دامنه کوه صفه چشمه‌ای به نام چشمه درویش و 200 متر بالاتر از آن چشمه گل زرد قرار دارد. کوه صفه از محل چشمه درویش که سنگ کوه از خاک جدا شده و دامنه کوه محسوب می‌شود، در سمت غرب به فضای سنگی مسطحی (سکو مانند) منتهی می‌گردد و کوه به همین جهت «صفه» نامیده می‌شود. در گذشته در این محل چهارطاقی‌هایی ساخته شده بود و در حوالی آن سنگاب بزرگی نیز بود که آب سرد آن از برفاب‌های قله تأمین می‌شد.
از آنجا که کوه صفه یکی از محبوب‌ترین جاذبه‌های گردشگری اصفهان می‌باشد، در سال‌های اخیر شهرداری اصفهان فضای سبز دامنه این کوه را گسترش داده است که از جمله آن‌ها راه‌اندازی خط تله‌کابین، شهربازی، مرکز بولینگ، رستوران و ... می‌باشد.