به نقل ازمحفل قرآن امیرالمؤمنین ( علیه السلام )،
چگونگی به شهادت رسیدن شهید موسوی به نقل از شاهد صحنه، حاج محمد علی مجیری:
در یک روز گرم تابستانی پانزدهم شهریور ماه 1360 درست هفت روز بعد از شهادت محمد علی رجایی و دکتر باهنر ، ساعت 11 صبح اتومبیل پیکان سفید رنگ در یکی از محله های شهرستان خمینی شهر در کوچه های باریک در حال حرکت بود . که راننده آن شخصی روحانی بود . در حالی که رادیو اتومبیل آهنگ عزا مینواخت و مرتب از شهید رجایی و باهنر یاد میکرد. راننده بسیار ناراحت و در خود بود . صدای اذان ظهر که از بلند گو های مساجد شهر پخش میشد ، بگوش میرسید . آقای موسوی با شنیدن صدای اذان به سرعت خود افزایش داد که آقای مجیری گفت : (حاج آقا خیلی با سرعت حرکت میکنید . بهتر نیست کمی آهسته تر برانید؟) آقای موسوی گفت: ( دیر شده است . میترسم که به نماز جماعت نرسیم)
کم کم از شهر خارج شدیم و به دانشگاه صنعتی رسیدیم ولی متأسفانه نماز بصورت فرادی برگذار شده بود و کارمندان متفرق شده بودند . آقای موسوی و مجیری وضو گرفتند و برای خواندن نماز به مسجد رفتند . از طرف دیگر موتوری که سرنشینان آن دو منافق بودند وارد محوطه دانشگاه شدند و از دور مسجد را کنترل میکردند . راننده ی موتور ناصر رحمتی و پشت موتور فرشید کیوانفر نشسته بود . حاج آقا موسوی و محمدعلی مجیری نماز را خواندند و از مسجد خارج شدند که سید مصطفی موسوی را دیدند . حاج آقا موسوی بعد از احوال پرسی به او گفت : (شما به خانه نمی آیی ؟ ما به محل میرویم) آقای موسوی جواب داد: ( اگر مزاحم نباشم به خانه می آیم) و هر سه به طرف اتومبیل رفتند و حاج آقا موسوی پشت فرمان و سید مصطفی موسوی کنارش و آقای مجیری روی صندلی عقب نشستند ولی هر چقدر حاج آقا موسوی استارت زد ، ماشین روشن نشد . به ناچاز از اتومبیل پیاده شدند و مقداری اتومبیل را هول دادند تا اینکه اتومبیل روشن و سوار بر آن شدند و به راه افتادند . موتور سوارن که از دور تماشاگر این صحنه بودند موتور سیکلت را روشن کردند و آهسته پشت سر آنها شروع به حرکت کردند . تا از دانشگاه خارج و وارد کمربندی شهر شدند ، دوباره اتومبیل خاموش شد . در آن زمان موتورسیکلت در طرف مخالف مسیر آنها ، بصورتی که دیده نشوند ، متوقف گردید و از دور تماشاگر اتومبیل بود . دومرطبه هر سه نفر از اتومبیل پیاده شدند و کاپوت را بالا زدند و پس از چند دقیقه ، اتومبیل را روشن کردند . ساعت حدود 12:45 دقیقه بود . اتومبیل حاج آقا موسوی با همان سر نشینان به حرکت خود ادامه دادند و موتور سیکلت آهسته پشت سر آنها حرکت میکرد . ناصر رحمتی که راننده بود ، به فرشید کیوانفر گفت : ( کم کم داریم به سپاه نزدیک میشیم و خیابان های خلوت را طی کردیم . اگر تا آخر این خیابان کارمان را انجا ندهیم دیگر نمیتوانیم) اتومبیل از چهار راه شریعتی گذشت . سکوت عجیبی همه جا را فرا گرفته بود . خیابان ها بسیار خلوت بود . ناگهان صدای غرش مهیبی،سکوت حاکم را شکست و موتور سیکلت با سرعت بسیار زیاد از کنار اتومبیل گذشت و صدای چند گلوله بگوش رسید که پشت سر یکدیگر شلیک شدند و همراه آن ، صدای خورد شدن شیشه...! تعادل اتومبیل از صورت قبلی خود خارج شد و به اتومبیل هایی که در کنار خیابان پارک شده بودند ، برخورد کرد و متوفق شد . موتور سواران با فرار ، از صحنه محو شدند . مردم از خانه های خود بیرون ریختند و جمعیت زیادی اطراف اتومبیل را فرا گرفت . در آن هنگام درب عقب اتومبیل باز شد و آقای مجیری سرا سیمه از اتومبیل خارج شد و بطرف درب شاگرد رفت و آقای موسوی را که به داشبورت پرتاب شده بود بیرون آورد . آقای مجیری فکر کرد به طرف او شلیک شده ولی بعد از چند لحظه متوجه شد که حاج آقا موسوی از اتومبیل خارج نشد . به طرف او دوید و دید که حاج آقا بروی صندلی افتاده و چشمان او بسته شده و خون از زیر عمامه او جاری شده و وقتی او را با دست تکان داد و او را صدا زد ، متوجه شد که بعلّت اصابت گلوله به سر و گلو و قلب او ، شربت شهادت را نوشیده و به دیدار حق تعالی شتافته است . در فردای آن روز پیکر آن شهید تشعیع و به خاک سپرده شد .
در پی کوشش های وزارت اطلاعات و همیاری سپاه پاسداران بعد از سه ماه ، فرشید کیوانفر دستگیر شد و پس از اعتراف ، همدستان خائنش که یکی از آنها ناصر رحمتی بود دستگیر و به دادگاه انقلاب سپرده شدند و بعد از بررسی و اقرارهای مجریمن ، مشخص شد که 13 نفر از مسئولین و مردم بی گناه توسط کیوانفر و همدستانش ترور گردیده اند که دادگاه آنها را به مفسدین فی الارض اعلام و به اعدام محکوم نمود .