فکر دایرکردن دانشگاه آزاد خمینی شهر در سال 1365 توسط تعدادی از دانشجویان خمینی شهری که در دانشگاه آزاد نجف آباد درس می خواندند طرح شد. اینان با مراجعه به مسولین وقت شهر موضوع را پیگیری کردند تا مجوز دانشگاه در 27 اردیبهشت1367 صادر گردید.
یکی از این افراد در خاطرات خود مراحل مختلف کار و مشکلات سر راه خرید زمین و دریافت مجوزهای مختلف و ساخت و سازها و مخالفت های استانی در راه به سر و سامان رساندن دانشگاه را بیان می کند که به هفت خوان شبیه است. همراهی حجت الاسلام سعیدیان نماینده وقت و ناجح پامناری و روسای برخی ادارات شهر چون آمون رییس اداره ثبت اسناد در به ثمر رسیدن دانشگاه موثر واقع شد. زمین اولیه 32 هکتار بود که 32 میلیون تومان خریداری شد و در سال های بعد مساحت دانشگاه به 75 هکتار رسید. اولین ساختمان که دبیرخانه بود در چهار طبقه با روش امانی و با نظارت حسین باقری مسول دفتر فنی دانشگاه ساخته شد. دانشگاه ابتدا در ساختمانی استیجاری واقع در بلوار توحید دایر و کلاس ها در هنرستان شهید رجایی در روزهای تعطیل تشکیل می شد و اولین رییس دانشگاه هم خاقانی با مدرک فوق لیسانس بود.
منبع:
گفتگو با حاج حسین باقری / اردیبهشت 94