درمحکمه(درب محکمه) را میتوان بزرگترین و قدیمیترین جایگاه استقرار حکیمان شهر دانست که حداقل 200 سال پذیرای بیماران منطقه ماربین بوده است. کوچه حکیم ها در دوشنبه بازار منطفه دیگری است که تعدادی از حکیمان در آن مطب و خانه داشتند. تیمچه حاج میرزا به عنوان یک مجتمع درمانی، تجاری در این منطقه ساخته شد.
با تاسیس بلدیه سده، صحیه آن هم دایر شد و مدتی مسوولیت بهداشت و درمان مردم را بر عهده داشت.
تقریبا همزمان با تلاشها برای ساخت بیمارستان ملی در اصفهان در سده عده ای از جمله آیت اله سید ابوالحسن سیادت به فکر تاسیس مریضخانه در شهر خود بودند. در سال ۱۳22 ساختمان نیمهساز بیمارستان به شهرداری واگذار گردید و شهرداری با کمکهای مردمی و بودجه خود آنرا کمی بعد به بهره برداری رساند
در سال 1326 اداره بهداری در سده تاسیس و چند اطاق مریضخانه سده را برای ایجاد اداره و بهداری اجاره نمود.
در اواخر دهه 1340 زایشگاه شیر و خورشید ساعی آماده بهره برداری شد. اورژانس شهر از حدود سال 1357 در درمانگاه تامین اجتماعی واقع در خیابان بوعلی راه اندازی شد. در سال 1349 ساختمان بیمارستان همایونشهر تخریب شد ولی ساخت بیمارستان جدید حدود 15 سال طول کشید و در نهایت اوایل سال 1364 ساختمان آماده و تجهیز و بهره برداری شد.
درمانگاه خیریه ولیعصر(عج در سال 1371 در خانهای در خیابان امام شمالی دایر شد.
در سال 1375 ساخت مرکز دیالیز در ضلع شمالی حیاط بیمارستان ساعی شروع گردید و در سال 1377 شروع به کار کرد. در مهر 1394، مرکز ثابت اهداء خون شهرستان خمینی شهر در چهار طبقه شروع به کار کرد.
ساخت بیمارستان 9دی منظریه 24 سال طول کشید و در نهایت در روز دوشنبه 20 شهریور 1396 پذیرش بیمار در آن شروع شد.
در اوایل دهه 1370 گامهای اولیه برای تاسیس یک مرکز خیریه تحقیقاتی و درمانی برداشته شدو بخشهای رادیولوژی، آزمایشگاه و دیابت آن در تاریخ 30 اردیبهشت 1394 راه اندازی گردید.
در ابتدای دهه 1390 اولین گام های اولیه برای ساخت یک بیمارستان جدید توسط خیرین به جای زایشگاه ساعی برداشته شد.