نسب سید نجم الدین ابن سید محمود بن سید شرف الدین بن محمد الحسین، با هفده واسطه به امام چهارم امام سجاد (ع) می رسد. قدیمی ترین بنای موجود برآرامگاه ساختمانی با دیوارهای عریض و گنبد کوچک بود. تاریخ بنای اولیه مشخص نبوده و احتمالا مربوط به دوران صفویه است .در سال 1332 به همت تعدادی از اهالی گنبد جدیدی بر روی همان ساختمان قدیمی ساخته شد.
ساختمان امامزاده در سال 1358 کاملا تخریب و بنای جدیدی بر روی آن نهاده شد که شامل یک صحن بزرگ و دو مناره هر کدام به ارتفاع 9 متر و یک گنبد و سر درب و یک صحن و سالن بزرگ می شد.
مدتی بعد ضریح امامزاده سید محمد که تعویض شده بود بر روی مزار سید نجم الدین نصب شد.
اقدامات عمرانی در دهه هشتاد ادامه یافت و کاشی کاریهای مناره های گنبدها کامل و محوطه سازی و فضای سبز احداث شد در سال 91 ضریح جدیدی بر روی امامزاده نصب گردیدو حوض و آبنمای زیبایی مقابل درب ورودی ساخته شد .

در جلد 2 کتاب «قصص الخاقانی» که نویسنده آن« ولی قلی شاملو» است در بخش معرفی درویشان آمده که «میر محمد باقر اردستانی» از عارفان معروف  دوره ی صفویه  چند بنای عام المنفعه ساخت . در سیچان ،مسجد لنبان و از جمله بقعه ای در «جوی آبادِ دارالسطنه ی اصفهانِ بهشت نشان» که منظور از بقعه، جز امامزاده سید نجم الدین نمی تواند باشد .

منابع:

     رسول محمدی

     اداره اوقاف شهرستان خمینی شهر

    اظهارات هیات امنای امامزاده