این مدرسه در دهه 1340 به عنوان اولین حوزه علمیه در همایونشهر به همت آیت اله براتعلی مشکات(1369-1279) و با استفاده از وجوهات شرعی و کمک های مردمی بنا شد. زمین آن واقع در پنجشنبه بازار پیش از ساخت مدرسه محل دستفروشی بود.( ضمیمه دوهفته نامه فرصت خمینی شهر(52) ، 3 مرداد 1390، صفحات 1تا 4)
براساس اظهارات شفاهی زمین حوزه یک زمین مخروبه ای بوده که کولی ها در آن خرید و فروش می کردند. آیت اله در مسجد سر پل نماز می خوانده و با مشاهده شرایط، در تدارک آباد کردن این زمین بر می آیند و به کمک مردم و سهم امام در آن زمین حوزه علمیه می سازند و حتي خودشان در بنایي آن شرکت می کردند. وقتی این حوزه را می ساختند عده ای درصدد بر آمدند تا با سندسازی این زمین را تصاحب کنند. ایشان با زرنگی سند زمین را به نام یکی از مراجع بزرگ می زند و اینطور دست آنان از این زمین کوتاه می شود.( جواد مختاری)
